主词条:唐平秦宗权蔡州之战
光启元年(885年)春天,秦宗权部抢夺亳州、颍州,朱温率领军队前去救助,到达焦夷,与秦宗权部交战,杀死敌军数千人,活捉敌将殷铁林,砍下他的头颅悬挂城门警示就返回了。三月,唐僖宗从蜀地回到长安,改元为光启。四月十四日,又加封朱温为检校太保,将食邑增加到一千五百户。十二月,河中、太原的敌军逼近长安,唐僖宗离开长安抵达凤翔。
光启二年(886年)春天,秦宗权部更加猖狂。当时唐朝皇室势力微弱,许多道和州的军队不听皇室的指挥,所以秦宗权得以横行为害,接连攻陷汝、洛、怀、孟、唐、邓、许、郑等州,方圆几千里,几乎断绝了人烟,只有宋、亳、滑、颍等州仅能闭关自守而已。朱温多次出兵与他们交战,但是有时胜利有时失败,百姓惶恐朱温战败,使他们遭到掠杀。三月一日,唐僖宗颁布诏令封朱温为沛郡王。同时,滑州义成军节度使安师儒因部下叛乱而被推翻,牙将张骁自任为滑州留后。朱温于是遣朱珍、李唐宾征讨,随即攻取下滑州,任命胡真为滑州留后。同月,唐僖宗御驾移到兴元府。十二月,唐僖宗颁布诏令加封朱温为检校太傅,改封为吴兴郡王,食邑三千户。
光启三年(887年)春二月一日,朱温按照诏命以朱珍为淄州刺史,派他到东道招募兵士。十天之内,应募的有一万多人。四月八日,回到汴州,朱温高兴地说:“我的大事可以成了。”这时,蔡州秦宗权的部将张日至屯扎在北郊,秦贤屯扎在版桥,各自都有几十万人,树起的栅栏相连二十里,军势非常强盛。朱温对诸位将领说:“他们正在养精蓄锐以等待时机,一定会来进攻我们。况且秦宗权估计我们兵力少,又不知道朱珍已经来到,以为我们害怕,只能坚守阵地而已。不如出其不意,先发制人。”于是亲自领兵进攻秦贤的营寨,将士们奋勇争先,秦贤果然没有防备,接连攻克四座营寨,杀死一万多人,当时人们都以为有天神在暗中相助。二十七日,秦宗权将领卢瑭带领一万多人在圃田北面的万胜戍沿汴水两岸扎营,跨河面建起桥梁,以控制河运道路。朱温挑选精兵锐卒去袭击他。这时正好下起了大雾,朱温部队到达卢军营垒的时候才被发现,于是闯入卢军军营掩杀,卢军投水而死的人非常多,卢瑭也投河自尽。秦宗权在河南的诸多部队接连战败,不敢再贸然进击。
五月三日,朱温从酸枣门出兵,从清晨到中午,与秦宗权军短兵相接,大败秦宗权,追杀二十多里,死尸堆积。秦宗权对这次的失败感到羞耻难当,因此更加暴虐,于是从郑州亲自带领几位将领突袭,径直奔入张晊军营中。五月八日,朱温在兖、郓、滑州的军队都赶来增援,在汴水岸边摆开阵势,大军武器精良,十分雄壮,旌旗蔽日,非常壮观。秦宗权看到朱温大军的军容,不敢出军营一步。第二天,朱温指挥各路军队,一齐进攻秦宗权军营,从清晨四时到下午四时,杀敌两万多人。到夜晚收兵,获得数不清的牛马、辎重物品、武器铠甲和俘虏。当夜秦宗权、张日至偷偷逃走,天快亮时追捕他们,追到阳武桥便回来了。秦宗权在与朱温的几次交战中,都以失败告终。因为自己的兵力是朱温的数倍,却屡屡败给朱温,心中愤怒不已。败退至郑州时,屠杀城内的百姓,掠夺城内的房屋,许久才离开。接着又把兵力分散在陕、洛、孟、怀、许、汝等州,占据在那里。因为手下的士卒恐惧朱温,以至于朱温率军队到达时,守城的人都弃城逃走。
文德元年(888年)三月三日,唐昭宗即位。龙纪元年(889年)二月,秦宗权的部下申丛变节,打断秦宗权的双腿,并把他囚禁起来,遣使向朱温报告。朱温当天接受诏令任申丛为淮西留后官。不久,申丛又被部将郭璠杀害。同月,郭璠押解秦宗权前来献给朱温,朱温派人用囚车将秦宗权解押到长安。到达长安后,唐昭宗前往延喜楼接受俘虏,立即在一棵独柳树下面将秦宗权斩首。蔡州平定。唐昭宗诏令增加太朱温邑实封一百户,赐给庄园和住宅各一处。三月,又加封朱温为检校太尉、兼任中书令,进封为东平王,以奖赏平定蔡州的功劳。